HCV eradication with IFN‑based therapy does not completely restore gene expression in PBMCs from HIV/HCV‑coinfected patients

Abstract

El objetivo de este estudio fue evaluar el impacto de la eliminación del virus de la hepatitis C (VHC) mediante tratamiento basado en interferón (IFN) sobre los perfiles de expresión génica relacionados con el sistema inmunitario en pacientes coinfectados por VIH/VHC. Se realizó un estudio prospectivo en 28 pacientes coinfectados por VIH/VHC que recibieron tratamiento basado en IFN, analizados al inicio del estudio (VIH/VHC-b) y a la semana 24 tras alcanzar una respuesta virológica sostenida (VIH/VHC-f). Como grupo control se incluyeron 27 pacientes monoinfectados por VIH (VIH-mono). El análisis de ARN-seq se llevó a cabo en células mononucleares de sangre periférica (CMSP). Se consideraron genes con expresión diferencial significativa (EDS) aquellos con un cambio de expresión ≥ 1,5 (en cualquier dirección) y una tasa de descubrimiento falso ≤ 0,05. En comparación con el grupo VIH-mono, el grupo VIH/VHC-b mostró seis genes con EDS, aunque no se identificaron vías significativamente enriquecidas. Al comparar VIH/VHC-f frente a VIH/VHC-b, se identificaron 58 genes con EDS, de los cuales 34 estaban sobreexpresados y 24 infraexpresados en el grupo VIH/VHC-f. Entre los genes más sobreexpresados destacaron CXCL2, PDCD6IP, ATP5B, IGSF9, RAB26 y CSRNP1, mientras que IFI44 e IFI44L fueron los más infraexpresados. Estos 58 genes con EDS revelaron dos vías significativamente enriquecidas (FDR < 0,05), una relacionada con la infección por el virus de Epstein-Barr y otra con la señalización de p53. En la comparación entre VIH/VHC-f y VIH-mono se identificaron 44 genes con EDS, que revelaron 31 vías enriquecidas (FDR < 0,05) relacionadas con inflamación, cáncer y alteraciones del ciclo celular, infecciones virales y bacterianas, y comorbilidades asociadas a la coinfección VIH/VHC. Cinco genes estuvieron sobrerrepresentados en la mayoría de las vías identificadas (JUN, NFKBIA, PIK3R2, CDC42 y STAT3). En conclusión, los pacientes coinfectados por VIH/VHC que erradicaron la hepatitis C mediante tratamiento basado en IFN mostraron cambios profundos en la expresión génica tras alcanzar la respuesta virológica sostenida. Las vías alteradas se relacionaron principalmente con procesos inflamatorios y complicaciones hepáticas, como la enfermedad hepática grasa no alcohólica y el carcinoma hepatocelular, lo que subraya la necesidad de una vigilancia clínica activa en estos pacientes.