EFECTOS DE LOS TRATAMIENTOS CONTRA LA SECA DE LA ENCINA (PHYTOPHTHORA CINNAMOMI) SOBRE LA DIVERSIDAD TAXONÓMICA DE LAS COMUNIDADES DE BACTERIAS Y HONGOS DE LOS SUELOS

Abstract

La seca es una enfermedad que afecta a encinas y alcornoques provocando el decaimiento y muerte de estas especies. Es una afección causada por un hongo llamado fitóftora (Phytophthora cinnamomi) afectando a las raíces e impidiendo la absorción de agua y sales minerales. Existen diferentes tratamientos para esta enfermedad, en este proyecto se analizan los tratamientos con enmienda caliza, fosfatos y ambos tratamientos al mismo tiempo. El objetivo este TFG es estudiar la afección que tienen estos tratamientos en el microbioma del suelo mediante el análisis de datos de secuenciación de bacterias (16S) y hongos (ITS). Para ello se recogieron muestras de suelos antes y después de los tratamientos, para obtener no solo datos de microbiota, sino también de las propiedades fisicoquímicas del suelo (como el pH, nitrógenos, sodio, etc.), para así entender las causas de los cambios en el microbioma. Para el análisis de los datos se utilizaron herramientas bioinformáticas (como dada2) para la obtención de la tabla de ASV de 16S e ITS. y la asignación taxonómica de los mismos. Además, se utilizó phyloseq para realizar la asignación taxonómica. y relacionar la composición y estructura de la microbiota con los datos abióticos y hacer análisis de riqueza, dbRDA, ANOVA, NMDS, etc. Se observó que los tratamientos no afectaron los índices de diversidad de Shannon y Simpson, pero si existían cambios en las composición y estructura de las comunidades microbianas que habitaban el microbioma del suelo. Los cambios en la composición fueron explicados por los tratamientos y el tiempo, y en particular por cambios en el pH y la severidad de la afección. Junto a esto se vio un cambio en las especies características de cada uno de los tratamientos con respecto al tiempo de aplicación de estos. Se logro ver que los tratamientos junto con el pH y la severidad de la infección tenían influencia en la microbiota