CORRELACIÓN ENTRE MÉTODOS FENOTÍPICOS Y GENOTÍPICOS DE ESTUDIO DE RESISTENCIA ANTIBIÓTICA EN AISLADOS CLÍNICOS DE CLOSTRIDIOIDES DIFFICILE

Abstract

La infección por Clostridioides difficile (ICD) provoca diarrea y suele tener un origen nosocomial. Está mediada por aislados toxigénicos que producen toxinas A y/o B y en algunos casos la toxina binaria, que constituyen el principal factor de virulencia de este patógeno. La resistencia a los antibióticos desempeña un papel importante en la patogénesis y propagación de los microorganismos nosocomiales. La secuenciación masiva combinada con herramientas bioinformáticas está cobrando relevancia en el análisis del genotipo de resistencia (resistoma) de las bacterias, aunque la expresión de los genes de resistencia antimicrobiana no es siempre constitutiva, sino que depende de varios factores, por lo que no podemos obviar el estudio fenotípico. En este estudio se ha comparado el resistoma genético de 16 aislados clínicos de C. difficile con su sensibilidad fenotípica in vitro frente a 7 antibióticos. Durante el control de calidad del ensamblaje, 2 aislados fueron excluidos ya que sus secuencias no superaron los criterios de calidad. Las secuencias de los 14 aislados restantes se analizaron con los programas ABRIcate y AMRfinderPlus, detectando mutaciones en los genes gyrA y gyrB que confieren resistencia a las fluoroquinolonas, así como genes de resistencia a tetraciclinas, MLSb (macrólidos, lincosamidas y estreptogramina B) y aminoglucósidos. No se detectó ningún gen asociado a la resistencia a vancomicina ni a metronidazol, antibióticos utilizados en el tratamiento de la ICD. El software ABRIcate mostró la presencia de genes asociados a virulencia y codificantes de toxinas en todos los aislados excepto en 2. La clasificación de clado y secuenciotipo de los aislados con la plataforma web PubMLST agrupó a nuestros aislados mayoritariamente en el clado I. La sensibilidad fenotípica se amplió hasta un total de 24 aislados, para contribuir al estudio del resistoma de C. difficile del Hospital Universitario Ramón y Cajal. Todos los aislados fueron sensibles a vancomicina y metronidazol mientras que se observó una alta tasa de resistencia y heterorresistencia a levofloxacino. Además, también se encontró resistencia a tetraciclina, clindamicina, eritromicina y gentamicina. Se detectaron discrepancias en la correlación del resistoma genético identificado por el análisis bioinformático y la resistencia fenotípica observada en el análisis in vitro, lo que revela la importancia de integrar ambas herramientas en la búsqueda de un tratamiento clínico efectivo.